La Unidad Nacional Antinarcóticos e Interdicción Marítima de la Fiscalía General de la Nación llamó a indagatoria a Juan Carlos Sierra Ramírez por el delito de narcotráfico.

La investigación se inició tras la compulsa de copias de la Unidad de Justicia y Paz, con base en declaraciones en las que Sierra Ramírez admitió haber participado en al menos siete envíos de cargamentos que salieron por las costas atlántica y pacífica y que fueron incautados por las autoridades en Chile, Honduras y aguas internacionales y otras, que según su dicho llegaron con éxito a la frontera de México y Guatemala.

En sus versiones ante el Tribunal de Justicia y Paz, Sierra Ramírez admitió que para realizar cada embarque se alió con diferentes miembros de las autodefensas como Carlos Castaño, Ramiro Vanoy, Nicolás Vergonzoli y Hernando Gómez Bustamante, alias Rasguño, entre otros.

Sierra Ramírez tiene a la fecha medida de aseguramiento emitida por el Tribunal de Justicia y Paz de Medellín y se encuentra en etapa de legalización, lo que en la justicia ordinaria equivale al juicio, por cargos de concierto para delinquir, financiación del terrorismo y administración de recursos relacionados con actividades terroristas, lavado e activos, porte ilegal de armas y utilización ilegal de equipos de comunicación, los cuales fueron reconocidos por él dentro del proceso de Justicia y Paz en 2007.