Desde el primero de enero de 2005 se ha implementado en Colombia, de manera gradual y selectiva por regiones, el sistema penal oral acusatorio. Ello implica un nuevo régimen procesal penal colombiano que por muchas décadas imperó con diferentes denominaciones pero que realmente obedecía a una estructura inquisitiva o mixta.

Una vez se produce un hecho jurídicamente relevante que puede constituir delito querellable o perseguible de oficio, la policía judicial (Policía Nacional – SIJIN, DIJIN, Cuerpo Técnico de Investigación -CTI-, Departamento Administrativo de Seguridad -DAS- o Policía de Tránsito, o aquellas dependencias que transitoriamente pueden cumplir esa función- asumen la indagación para la práctica de las primeras diligencias o aquellas urgentes para descubrir y asegurar los elementos materiales probatorios, las evidencias físicas o los informes legalmente ofrecidos, actuando como primeros respondientes.

Se notará entonces un protagonismo de la policía judicial, un gran compromiso investigativo y enorme responsabilidad de todas las actividades y pesquisas que pueden desarrollar los investigadores, porque después en las audiencias públicas preliminares o de fondo pueden ser llamados y deben comparecer como testigos para que delante de la comunidad enfrenten a la delincuencia y constituyan el centro probatorio en procura de la verdad.

No existe un término establecido legalmente para realizar las labores de indagación, particularmente cuando no se ha sorprendido in flagranti delictu o capturado en flagrancia al autor o partícipe de la conducta penal. Pero han de tenerse en cuenta los términos o plazos legales de la prescripción de la acción penal o los términos para presentar la querella en los delitos que no son perseguibles oficiosamente.

Es decir, una vez superada la fase de la indagación que  lidera la policía judicial, bajo la supervisión o el control del fiscal, en donde se reflejará un verdadero trabajo en equipo, y cuando el fiscal considere que ya tiene los medios de conocimiento <elementos materiales probatorios, evidencias físicas o informes legalmente obtenidos>, le solicita al juez la audiencia preliminar de formulación de imputación. Imputación, implica la comunicación que hace el fiscal al investigado de los hechos jurídicamente relevantes, su participación criminal y la adecuación típica por ante un juez de control de garantías para que se trabe ese vínculo procesal y ejerza material y técnicamente su defensa.

En caso de tratarse de una captura en flagrancia o administrativa tendrá que ser presentado el aprehendido ante el juez de control de garantías para que en audiencia preliminar pública se legalice la captura, o de lo contrario el juez ordenará su libertad inmediata.

Imputado el delito, en caso de una conducta punible que amerite detención preventiva intramural o domiciliaria se solicitará una audiencia  preliminar para imponer esa medida de aseguramiento ante el juez de control de garantías. También existen otras medidas de aseguramiento no privativas de la libertad como: la obligación de someterse a un mecanismo de vigilancia electrónica, o de una persona o institución determinada, presentarse periódicamente  o cuando sea requerido ante el juez o ante la autoridad que él designe, la obligación de observar buena conducta individual, familiar y social, prohibición de salir del país, del lugar en el cual reside o del ámbito territorial que fije el juez, prohibición de concurrir a determinadas reuniones o lugares, prohibición de comunicarse con determinadas personas o con las víctimas, siempre que no se afecte el derecho a la defensa, la prestación de una caución real adecuada, por el propio imputado o por otra persona, mediante depósito de dinero, valores, constitución de prenda o hipoteca, entrega de bienes o la fianza de una o más personas idóneas y la prohibición de salir del lugar de habitación entres las seis de la tarde a las seis de la mañana.

El término legal permitido de duración de esta etapa es de 30 días hábiles, al cabo de los cuales el fiscal solicitará audiencia para formular escrito de acusación o preclusión de la investigación ante el juez de conocimiento. Si no lo hace en este perentorio término legal, ese fiscal debe ser removido de la investigación y se suplirá por otro para que un término no superior a 30 días hábiles solicite tal audiencia y con ese mismo objetivo.

En  las  investigaciones  penales  se   garantiza el  principio de segunda instancia de acuerdo con  el cual las decisiones proferidas por  un fiscal pueden  impugnarse  ante  su   superior jerárquico.  La  estructura  de la Fiscalía General de   la Nación está prevista de tal manera que se pueda cumplir    con    ese  principio   salvo  en  las   investigaciones  que,  por disposición de la ley, conocen el   Fiscal General o el Vicefiscal en única instancia.

La  parte   inconforme  con la decisión puede interponer recursos contra las  decisiones  de  los  fiscales  para  que sean resueltas por el mismo fiscal que  tomó  tal  determinación   -recurso  de  reposición-  o  por  su superior   jerárquico  -recurso de apelación-.  Este último recurso  puede interponerse  como único  o como subsidiario al de reposición para  que se conceda la apelación en el evento de ser negada la reposición.