Con la expedición del nuevo Código de Procedimiento Penal (ley 906 de 2004) y su aplicación en el Sistema Acusatorio, el sentido de la calidad del imputado varió con respecto al sistema mixto. En el nuevo sistema, el imputado adquiere su calidad como tal cuando la Fiscalía formula una imputación ante un juez de control de garantías, luego de haber obtenido elementos materiales probatorios, evidencia física o que de la información legalmente obtenida se pueda inferir que el imputado es autor o partícipe del delito que se investiga. Es decir, que el imputado del sistema mixto, es el indiciado del nuevo sistema acusatorio; y el sindicado del anterior sistema es el imputado en el nuevo proceso. Ante un juez de control de garantías y con la presencia o no de la persona, de quien hasta ese momento es un indiciado, la Fiscalía General de la Nación presenta la formulación de imputación cuando de los elementos materiales probatorios, evidencia física o de la información legalmente obtenida por la Policía Judicial, se pueda inferir que el imputado es autor o partícipe del delito que se investiga. En ese momento, la Fiscalía debe describir al imputado, dar su nombre y/o número de identificación y condiciones civiles como profesión, estado civil, nombre de los padres, ciudad donde es oriundo y demás, para identificarlo plenamente. Así mismo, relatar claramente los hechos y solicitar la medida de aseguramiento (ello no implica el descubrir los elementos probatorios ni las evidencias físicas o informativas que tenga la Fiscalía). Una vez obtenida la designación de imputado, éste tendrá las garantías jurídicas para comenzar a defenderse. En el Sistema Acusatorio, a partir de ese momento, tanto la Fiscalía como la defensa comienzan a prepararse en relación con los elementos materiales probatorios, informes periciales y demás información que puedan introducir en el juicio oral por medio de la práctica de pruebas, pues es en dicha etapa donde se deben practicar las mismas. El imputado tiene amplias posibilidades para su defensa. Excepcionalmente, habrá práctica de pruebas en la etapa investigativa. Únicamente, en situaciones muy especiales a través de un incidente probatorio ante el juez de control de garantías. En la misma audiencia, donde se le formula imputación, el afectado podrá confesar, aplicar el principio de oportunidad y/o hacer peticiones que puedan resolverse en ese momento o en otra audiencia. En caso de no poderse realizar la imputación en forma personal, no obstante se le hará encontrándose ausente por medio de la designación de un defensor de la lista suministrada por el Sistema Nacional de Defensoría Pública, en cuya presencia se formulará la imputación Si el imputado acepta dicha condición se entenderá que es suficiente para acusarlo. A partir de ahí, la Fiscalía tiene 30 días para formular la acusar o precluir, según el caso. Si la Fiscalía formula el Escrito de Acusación, el imputado dejará de serlo y se le denominará como Acusado.