La Unidad Nacional de Justicia y Paz delegada ante los Tribunales Superiores de Distrito Judicial se creo mediante la Ley 975 del 25 de junio de 2005, promulgando en su Art. 33 que tendrá competencia nacional e integrada por los funcionarios que señala la misma ley. Mediante la resolución 0-3461 del 13 de septiembre de 2005, el Fiscal General de la Nación resuelve conformar la Unidad Nacional para la Justicia y la Paz, adscrita al despacho del Fiscal General.

Con resolución 0-2426 del 3 de agosto de 2006 se dispuso que la Unidad Nacional de Justicia y Paz funcionara de manera descentralizada con su sede principal en Bogotá , destacando como sedes alternas las ciudades Barranquilla y Medellín.