1. Garantizar el acceso a la justicia de los familiares de las personas desaparecidas en Colombia.
2. Establecer por las regiones el número de personas desaparecidas.
3. Recepcionar las denuncias penales de quienes no han puesto en conocimiento a la justicia los hechos constitutivos del delito de desaparición forzada, recibiendo toda la información sobre las circunstancias de tiempo, modo y lugar en que se cometió el hecho y, sobre quienes son los autores, como en dónde se encuentran ocultos los restos óseos humanos.
4. Diligenciar las entrevistas judiciales sobre la información que sea importante para la búsqueda de personas desaparecidas.
5. Recepcionar el Formato Nacional de Búsqueda de Personas Desaparecidas.
6. Brindar asesoría y atención psicosocial y jurídica.
7. Exhibir las prendas y objetos recuperados en fosas, para provocar un reconocimiento preliminar por esta vía.
8. Toma de muestra de sangre a los familiares (padres, hijos biológicos, abuelos  y hermanos), para perfilamiento genético para procedimiento de identificación de ADN.

Para lograr estos propósitos, se conformó un circuito con las siguientes fases:

1. Recepción y Orientación: Primer contacto con el usuario (víctima o no víctima), para determinar si es procedente el ingreso de la persona al circuito ó debe remitirse a otra entidad pública.
2. Atención Psicológica: En esta fase a las víctimas se le brinda atención en emergencia a las víctimas y se les expone las actividades desarrolladas por la Unidad para la búsqueda de personas desaparecidas (recolección de información, exhumación, identificación y diligencia de inhumación), para que expresen sus inquietudes y se les informe el procedimiento de búsqueda de sus familiares. Además, el psicólogo  exhibe un video en donde se encuentran los objetos, prendas y reconstrucciones morfológicas para buscar una identificación preliminar, previo consentimiento de la víctima.
3. Registro de información para investigación: Formato Nacional de Búsqueda de Personas Desaparecidas, Denuncia Penal, Formato de Hechos Atribuibles a Grupos Armados Ilegales (Ley 975-05) y Entrevistas.
4. Recepción de información de enterramientos clandestinos: Funcionarios de la Sub Unidad de Apoyo, reciben esta información para su posterior verificación.
5. Toma de muestra biológica: Liderados por un funcionario del Grupo de Genética del C.T.I., profesionales de la salud de las regiones toman las muestras de sangre y saliva para ser cotejadas con los perfiles genéticos de los restos óseos recuperados en las diligencias de exhumación.